A resposta curta é "melhor eficiência do processador". Hyperthread CPUs são visões lógicas da CPU física. A principal vantagem disso é que o sistema operacional pode manter duas filas de instrução para a mesma CPU real, o que, por sua vez, fornece um pouco mais de paralelismo no nível da linha conforme a CPU real alterna entre a manutenção de ambos os fluxos de instruções. Quando uma CPU lógica está ocupada aguardando alguns dados da memória, a outra CPU lógica pode receber alguns ciclos de instruções.
As CPUs da era P4 possuíam alguns pipelines de instrução bastante detalhados, o que significava que o inativo de uma longa busca de dados reduzia a velocidade. O HT foi um passo para melhorar a eficiência dessa arquitetura, permitindo, em essência, dois pipelines de instruções em determinados estágios. Os processadores mais recentes da era do Core têm um pipeline muito mais curto, então não se beneficie tanto do hyperthreading.
A melhoria real no desempenho geral varia muito e, em alguns casos, pode realmente degradar o desempenho. O Server 2008 é sensível a HT e também significativamente seguro para SMP nas áreas críticas onde os acertos de desempenho podem ser obtidos usando HT, portanto, você não deve ver muita degradação se usá-lo. No entanto, você pode não notar qualquer melhora também. No seu caso, deixaria e veria o que acontece; você pode sempre desligá-lo novamente.