Sem mais alguma informação, pode ser algumas coisas. Pode ser que o que está na pasta sejam arquivos do sistema operacional protegidos que você não conseguiria ver por padrão. Você precisa ir para as opções de pasta e verificar os "arquivos protegidos do sistema operacional" para vê-los. Eu não recomendaria necessariamente excluir esses logo de cara, no entanto, como geralmente isso faz com que coisas ruins aconteçam.
Como alternativa, se houver corrupção de pasta, você deverá executar chkdsk para verificar isso. Você pode executá-lo com /p primeiro para verificar e, em seguida, executá-lo com /f para tentar corrigir os erros, se algum for encontrado.