Você deve usar inotify . Especificamente, você pode usar inotify-tools . Veja os scripts de shell de exemplo para algum uso de exemplo.
Veja também o incron como uma maneira relativamente fácil de disparar um script em reação a uma alteração em um diretório.
Se você está rodando Debian 6.0, apt-get install incron deve trabalhar para ter o incron instalado para seu uso, se você não o tiver já.