A maneira mais fácil de fazer isso é com a regra mod_rewrite
. Verifique isso no seu .htaccess
RewriteRule /cgi-bin/perl.exe - [R=404,L]
RewriteRule /cgi-bin/perl - [R=404,L]
(tecnicamente 404
não é um código de resposta válido para mod_rewrite
estar enviando, mas funciona)