Crie um arquivo /usr/share/glib-2.0/schemas/99_my_custom_settings.gschema.override
com um conteúdo como
[org.gnome.Empathy.conversation]
theme="adium"
theme-variant="Normal"
adium-path="/usr/share/adium/message-styles/ubuntu.AdiumMessageStyle"
[org.gnome.desktop.interface]
gtk-theme="Ambiance"
icon-theme="ubuntu-mono-dark"
cursor-theme="DMZ-White"
font-name="Ubuntu 11"
monospace-font-name="Ubuntu Mono 13"
para as configurações que você deseja alterar. Então corra
glib-compile-schemas /usr/share/glib-2.0/schemas/
para mesclar suas alterações com o banco de dados da GSettings.