Supondo que você esteja usando o Linux (e talvez o Windows).
O método de particionamento é o mesmo para ambos os sistemas e, assim, tanto o Linux quanto o Windows verão que há duas partições. Não deve haver um problema neste nível.
Usando o Linux, você pode montar os dois tipos de partições.
Usando o Windows, você poderá montar a partição NTFS. O ext4 exigirá uma ferramenta externa.
Montar a partição NTFS no Windows a partir de uma unidade externa não estragará o ext4, contanto que você não force o Windows a fazê-lo (como a formatação ...).