Como o problema é declarado, isso não é possível com bind9. No entanto, o problema realmente tem a ver com como você pode fazer alterações significativas em quais zonas você está servindo, sem um impacto no desempenho.
Possíveis sugestões são:
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zonas dinamicamente carregáveis com bind9
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bind10 (mas isso não está maduro, você provavelmente não quer depender dele para ambientes de produção críticos)
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outro servidor dns, como powerdns. Se você estiver usando o esquema padrão recomendado para um back-end SQL para powerdns, ele servirá a todos das zonas na tabela de domínios, portanto, se você puder ter seu "gerenciador de dns" atualizando essa tabela, então você está no negócio. No mínimo, uma solução alternativa imediata seria ter a ferramenta zone2sql do powerdns pegando os arquivos de zona que seu aplicativo de gerenciador de DNS cria e inserindo-os no banco de dados.