A desvantagem de mudar para o IPv6 é que praticamente ninguém mais o está usando. É claro que é o futuro, mas seus pacotes IPv6 não seriam não roteados. Seria o máximo em segurança.
Atualmente, você teria que passar por um túnel IPv6.
OK. Suas perguntas.
Q1: Não, o IPv6 tem criptografia integrada. Não há necessidade de VPN, mas você ainda pode usar VPN se estiver paranóico.
Q2: A criptografia IPv6 especifica uma cifra bastante fraca (a última vez que ouvi isso). Espero que seja substituído por um muito mais strong. Uma VPN ainda seria necessária se você fosse paranóico.