Simples: mova o conteúdo do htaccess para a configuração do servidor.
Os arquivos htaccess são lidos & analisada toda vez que uma solicitação para conter pasta for concluída. Por outro lado, a configuração do servidor é lida apenas uma vez.
Se você não puder mover essas linhas no httpd.conf, tente colocá-las em tags "Directory", especialmente se algumas dessas linhas estiverem vinculadas a um diretório específico.