Você deve implementar cegamente todas as sugestões do "Índice em falta" que o relatório fizer? Não.
Você deve examinar suas sugestões, avaliar quais delas fazem sentido (eliminaria freqüentes varreduras de tabela, mas não sobrecarregaria o servidor com atualizações de índice excessivamente frequentes) e as implementaria? Claro (e se você está tendo problemas de desempenho, absolutamente!).
Como todas as sugestões de ferramentas de software, você deve considerar o que está dizendo, mas nunca substitua cegamente o julgamento por si mesmo.