Minha reação intestinal me diz que o link simbólico será mais rápido, porque você terá que ler menos dados ao manipular o primeiro link dessa cadeia. Eu não tenho certeza se há muita diferença, tente fazer um benching dos dois para ver a diferença.
A)
- arquivo de leitura (no ext2 + os links simbólicos estão incluídos no inode, portanto, apenas uma busca)
- leia outro arquivo
- executar php
B)
- ler arquivo
- executar php
- leia outro arquivo
- executar php
A variante include () é boa para os usuários do Windows, eu acho, já que eles não podem ter links simbólicos em seus sistemas.