Você criou uma pasta de repositório chamada trunk com o primeiro comando (o argumento -r diz ao svnserve para definir o local fornecido como a raiz), mas esta é apenas a localização do sistema de arquivos do repositório.
Acredito que o svnserve sempre irá preservar o repositório como a pasta raiz na URL (de qualquer forma, não consigo ver nenhuma opção na página man para substituí-lo).
O que eu acho que você precisa é criar e confirmar a pasta trunk em seu repositório vazio (junto com suas pastas branches e tags, caso deseje). Minha tática usual é a seguinte:
No servidor:
svnnadmin create repo
svnserve -d -r repo/
No cliente:
svn co svn://domain.name/ repo/
cd repo
mkdir branches tags trunk
svn add *
svn ci -m "Base directory structure"
Então, svn://domain.name/trunk será o seu tronco do repositório.