se você precisar usar a mesma pasta para vários sites, a abordagem correta é: 1. Configure todos os sites para serem executados em uma pasta 2. Configure o IIS para vê-los todos como um site 3. Configure o site do IIS com todos os nomes de host 4. Faça com que sua Página ASP.net mostre um conteúdo diferente com base no URL.
Pode ser muito mais limpo dividi-lo entre vários sites. Dependendo do seu cenário, você pode estar na sua situação porque você exige a criação de arquivos de um site e a leitura de outro. Nesse caso, acho melhor ter um diretório de uploads com permissões de Iuser para gravar e ler como um diretório virtual.