Nós corremos AMIs em três regiões. O ponto chave é que as regiões são completamente separadas, então você terá que mover tudo para outras regiões (via S3) e recriar seus grupos de segurança, etc.
Para a mudança em si, o Elastifox é uma ótima ajuda: link
É mais poderoso que a interface da Web e ajuda a mover as AMIs.
Problemas potenciais que encontramos:
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Mover AMIs (a cópia) pode levar horas! Portanto, planeje tempo suficiente para isso.
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Às vezes tivemos problemas para registrar a AMI ou chegou corrompido. Não tenho certeza do que causou esses problemas, mas sempre conseguimos resolvê-los (na pior das hipóteses, tivemos que copiar a AMI novamente - mencionei para planejar tempo suficiente);