Durante uma travessia recursiva, o rsync corresponde cada diretório às regras. Quando se trata de /usr , a primeira regra de correspondência é - /* . Portanto, /usr é excluído e o rsync nem sequer vê nada abaixo dele. Correção: inclua explicitamente /usr , bem como /usr/local , /usr/local/pgsql e /var .
O manual do rsync tem uma discussão mais extensa sob as “regras de padrão de inclusão / exclusão” (reconhecidamente não é a leitura mais fácil).