Eu encontrei minha solução. O problema é que ele foi padronizado para tela inteira e que minha resolução de tela cheia não era compatível.
A correção foi editar o arquivo /usr/share/applications/supermeatboy.desktop
e alterar o:
Exec=/opt/supermeatboy/SuperMeatBoy
para:
Exec=/opt/supermeatboy/SuperMeatBoy -windowed -1024x768
A lista de resoluções suportadas é:
-640x480
-800x600
-1024x768
-1280x720
-1920x1080