Eu acho que pelo sufixo você provavelmente pode significar a "extensão", ou seja, o .php no menu.php. A razão pela qual você não vê é porque não está lá. É bastante comum no * nix que os arquivos não possuam nenhuma extensão (isso também é possível no Windows, mas você não o vê tanto).
Se você quer dizer arquivos ocultos, que em * nix são arquivos que começam com um período, (.settings), use ls -al
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