Sim, ele irá varrê-los para X kilobytes, onde X é definido pelo parâmetro --max-size dado ao spamc, ou por exemplo, o limite de tamanho da mensagem configurado no amavisd-new.
Que tipo de anexos o SpamAssassin verificará depende do tipo de desarquivamento e visualizador que você instalou. Eu não tenho (un) zip instalado, não espere SpamAssassin cavar através de arquivos zip ...: -)