Verifique se os direitos de acesso são consistentes.
Anote os privilégios "rwx" para proprietário, grupo e mundo em um arquivo que é exibido e outro que não é. Se forem diferentes, torne-os iguais - ou seja, o valor do arquivo exibido.
Verifique também se os direitos de acesso ao diretório / pasta estão consistentes.
Verifique se os nomes dos caminhos para os arquivos estão corretos.
O caso não deve importar, mas verifique novamente de qualquer maneira. Verifique se não há espaços sem escape ou outros caracteres especiais. Renomeie os arquivos ou altere como eles são referenciados.
Verifique novamente o modo de cor dos arquivos.
Alguns pacotes gráficos podem escrever jpgs CMYK, bem como RGB. Nem todos os browers (ex. Internet Explorer) podem exibir jpgs CMYK. Você precisará de acesso ao Photoshop ou similar para verificar isso. Salve os arquivos no modo RGB.
É improvável que isso aconteça, já que você informou que o problema só começou desde a atualização, mas eu o incluí para a integridade.