A variante A é a maneira correta de fazer isso. O Nginx sempre usará apenas um bloco de localização, portanto, se você definir root em um local, ele estará disponível apenas naquele local. Isso quase sempre leva à duplicação de diretivas raiz de caminhos de arquivos, nenhuma das quais é boa.
Se você defini-lo no bloco do servidor, ele será sempre herdado pelos blocos de localização, de modo que sempre estará disponível na variável $ document_root, evitando assim a duplicação de caminhos de arquivos.