O fato de que sempre parece ser de cerca de uma hora sugere strongmente que você tem um fuso horário configurado incorretamente em algum lugar, e uma das ferramentas de sincronização que você está executando está tentando definir seu tempo para o fuso horário incorreto.
We have ntpd running too. Thanks.
Você não deve estar executando o ntpd e configurando a hora com outra ferramenta via cron. A execução de várias ferramentas para sincronizar o tempo quase sempre piorará as coisas.
Escolha uma ferramenta e use apenas. Se esse servidor for virtualizado, considere também a sincronização de horário que faz parte das suas ferramentas de VM. Deve haver apenas uma coisa que fixa o tempo.