Com base em sua menção de "estrutura de pastas", estou supondo que você esteja falando sobre a herança de permissões NTFS.
A herança de permissões NTFS é, como você supõe, uma ilusão engenhosa que atribui explicitamente ACLs "herdadas" a objetos no momento em que as ACLs "herdáveis" são modificadas ou que um arquivo é criado. Esse comportamento é considerado defeituoso por alguns ( eu incluído). As APIs que o shell chama para alterar a permissão farão com que essa "percorrer" uma hierarquia de pastas profundas ao alterar as permissões na raiz dessa hierarquia. (Esse comportamento é particularmente desagradável quando você adiciona uma permissão não herdável à raiz de uma hierarquia profunda, mas precisa esperar que a "caminhada" da permissão seja concluída antes que o shell retorne o controle para você.)
Não sei qual foi a lógica por trás dessa decisão de design, além de dizer que o comportamento preserva um grau de compatibilidade com versões mais antigas do NTFS e porque provavelmente era mais fácil implementar o mecanismo dessa maneira (menos canto -cases). Meu entendimento era que o sistema de arquivos Netware, por exemplo, implementava o cálculo em tempo real das permissões herdadas, em oposição à marcação explícita de ACLs "ineherited" como NTFS. Eu diria que o sistema de arquivos Netware prova que esse modelo de permissão calculado em tempo real é efetivamente possível de ser implementado com desempenho razoável.