Qual é a estrutura de dados no sql?
É possível que uma coluna seja um blob, talvez uma imagem ou um PDF maior que 16M. Por que não definir o max_allowed_packet como 160MB (como nenhum pacote pode ser maior que o tamanho do arquivo inteiro) e testá-lo novamente, você sempre poderá alterná-lo novamente mais tarde.
Você pode obter um valor mais preciso se obtiver os dados importados usando o comando SHOW TABLE STATUS para obter os tamanhos dos dados e, em seguida, você verá o tamanho que deve ser.
No entanto, o erro é muito geral e há uma lista de possíveis razões para você ver o erro no site mysql
Você terá que trabalhar com cada um para localizar o problema, mas na minha experiência, sempre foi um pacote muito grande. Eu tenho max_packet_size definido para 180MB em uma das minhas caixas de produção, por isso mesmo.