Sim, isso é possível e não é considerado um caminho ruim. Essa é uma situação muito típica para pessoas que têm uma força de trabalho dispersa geograficamente (use um site local, mas um site principal centralizado) ou que desejam separar os meus sites por motivos de desempenho como você.
A única parte questionável para mim é por que executar os meus sites em servidores separados neste momento? Eu acho que você obteria melhor retorno para seu fanfarrão (servidor) separando o site regular dos meus sites, mas mantendo os 2 meus sites juntos para que eles possam compartilhar recursos (e possivelmente ter alguns recursos de failover? Depende de quantos servidores você estão falando.)
De qualquer forma - a maneira correta de fazer isso é ter vários farms. Em seu cenário, seriam 3 fazendas:
- Site / portal principal do sharepoint
- equipe meus sites
- estudante meus sites
Você pode configurar uma relação de confiança entre o farm principal e os dois farms do meu site, onde o site principal publicaria seus serviços, e os farms do meu site os consumiriam.
No farm principal, você pode configurar um público-alvo para sua equipe e outro para seus usuários com base em qualquer critério que os separe. Depois disso, você configura dois locais confiáveis de Meus Sites e fornece a URL e o público apropriados.