A maneira mais fácil é usar o "pasuspender", que informa ao sistema para suspender temporariamente o PulseAudio. Se você iniciar o programa com ele, interromperá o PulseAudio durante o período de execução dos aplicativos e, em seguida, retomará a operação do PulseAudio.
pasuspender -- skype
Muitas vezes, foi dito que remover o PulseAudio é uma ideia ruim e desnecessária. O acima deve funcionar muito melhor.
Uso geral do pasuspender:
pasuspender [options] -- PROGRAM [ARGUMENTS ...]