Você terá uma melhor hora de executar o DNS no computador do controlador de domínio com o servidor DNS da Microsoft. É tecnicamente possível não usar o DNS da Microsoft (consulte Usando o BIND9 e o DHCPD para suportar um domínio do Windows para alguns detalhes), mas é um pouco doloroso. Em geral, você terá uma configuração mais fácil de gerenciar se usar o servidor DNS da Microsoft para, no mínimo, o domínio do Active Directory.
Você também pode usar o servidor DNS da Microsoft para todas as suas necessidades de resolução recursiva. O servidor DNS da Microsoft é configurado para usar dicas de raiz por padrão, portanto, você não precisa se preocupar em usar encaminhadores se estiver procurando uma resolução recursiva de nomes de domínio da Internet. Se você realmente quiser usar encaminhadores, poderá fazer isso também, configurando o encaminhamento geral ou condicional (por domínio) nas configurações do servidor DNS da Microsoft (por meio do snap-in do console de gerenciamento de Gerenciamento DNS). em).
Você não menciona a sua versão do Windows Server, mas ela está configurada da mesma maneira entre o Windows Server 2003 e 2008 - consulte link para detalhes.