tente isto:
runuser -s /bin/bash - prog -c "nohup php /foo/bar.php >> /var/log/bar.log 2>&1 &"
importa quando você faz o redirecionamento.
Em seu exemplo, você redireciona stderr para stdout e depois stdout para /var/log/bar.log. Mas isso não significa que o stderr também seja redirecionado para /var/log/bar.log
O shell interpreta seus comandos da esquerda para a direita, portanto, se você quiser redirecionar ambos os fluxos para o arquivo, primeiro você precisa redirecionar o stdout para /var/log/bar.log e depois redirecionar o stderr para o loaction do stdout, que é /var/log/bar.log.
Difícil de explicar em uma língua estrangeira. Desculpe:)