Eu venho executando o Exchange 2010 desde a versão beta e não tive nenhum problema com estabilidade e acho que houve algumas melhorias muito legais em 2007. Dito isso, ele foi lançado há apenas um mês, e muitas pessoas frequentemente gostaria de esperar até o primeiro service pack para garantir que todos os bugs sejam resolvidos.
Uma coisa a ter em mente é que você não pode simplesmente atualizar de 2003 para 2007, ou de 2007 para 2010, então se você fosse para 2007 e depois para 2010, precisaria fazer 2 migrações.