Lembre-se de que todas as instâncias do SQL Server têm um nome. Se você não especificar um, então é MSSQLSERVER.
Não há problema em usar uma instância não nomeada do SQL Server. O padrão é a instância nomeada porque reduz a probabilidade de a instância SQL Express / MSDE entrar em conflito com outras instâncias do SQL Server. Não é incomum haver 3-4 instâncias do SQL Server em um servidor de banco de dados de produção. Um pode ser incorporado, Express e várias instâncias do Standard / Enterprise.