Você pode escrever um arquivo em lotes para iniciar seu aplicativo com o nível de prioridade desejado:
cmd /c start /<priority> <application>
por exemplo
cmd /c start /low application.exe
Existe uma maneira de definir a prioridade do programa no Windows XP diretamente por atalho?
Por enquanto, inicio o programa e uso o Gerenciador de Tarefas para definir a prioridade como baixa.
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