Atualizada para 12.04 e o terminal padrão é o texto em preto sobre fundo preto. Eu posso clicar com o botão direito do mouse no terminal e mudar a cor, mas a janela "Back Up" também é preta no preto.
as configurações do terminal gnome são armazenadas em
~/.gconf/apps/gnome-terminal/profiles/Default/
elimine essa pasta (irá redefinir para os padrões no próximo início do programa do terminal) ou edite os arquivos com o seu editor de texto favorito.
Você pode mudar tudo no terminal Gnome editando o perfil; se você não alterou o perfil, será o perfil "padrão".
Escolha "Editar" na barra de menus do terminal e escolha a guia "Cores" ou a guia "Plano de fundo" e faça suas alterações lá.