Você está fazendo apenas um backup do estado do sistema. Isso conterá o registro (incluindo os registros COM +), o Active Directory eo SYSVOL (embora duvido que ele esteja instalado nos servidores da Web), o banco de dados de Serviços de Certificados (que provavelmente também não está instalado nos servidores da Web) ea Metabase do IIS .
Eu não posso dizer o que você quer dizer, especificamente, quando você fala sobre a restauração de "Configurações de segurança". Você não poderá restaurar, por exemplo, as ACLs do NTFS em arquivos dos quais não está fazendo o backup (ou seja, o conteúdo do site - ou, na verdade, qualquer coisa fora do estado do sistema). Para o seu aplicativo, você poderá recuperar a Metabase e o Registro do IIS. Se isso contiver tudo o que você descreve como "Configurações de segurança", estará em boa forma.
Você realmente não precisa de um VBScript para chamar esse comando. Você pode chamar isso diretamente de Tarefas Agendadas, já que você não está usando o VBScript para qualquer tipo de substituição de variáveis na linha de comando de backup, etc.
BTW, seu comentário sobre o diretório de destino do backup e as linhas de comando do NTBackup são diferentes.