Quando precisei mover alguns dados complicados de um banco de dados MySQL para um banco de dados PostgreSQL, escrevi um script perl que conectava ao banco de dados MySQL, selecionava os dados, fazia as conversões necessárias (como tinyint (1) para booleano e autoincrement para sequência, etc) e inseri-lo no banco de dados PostgreSQL. Para conversões mais simples, eu fiz um mysql_dump para um arquivo de instruções insert como seu FBexport irá fazer, então consertei o que precisava ser corrigido com um script sed. Não é automatizado e perfeito, mas foi rápido e bom o suficiente.