Há momentos em que um pacote no seu sistema Debian (ou Ubuntu) precisa ser reinstalado para corrigir problemas que você possa ter causado, ou reverter para um estado intocado, para isso você pode usar:
apt-get --reinstall install
Ele irá reinstalar todos os pacotes e colocá-los de volta ao estado original.
Como um rápido band-aid para poder usar o sistema, a fim de corrigi-lo corretamente (reinstalando todos os pacotes com conteúdo dentro de / etc, como dito acima), você poderia fazer:
sudo find /etc -type d -exec chmod 775 '{}' \;
sudo find /etc -type f -exec chmod 664 '{}' \;
Com essas duas linhas, você estará definindo permissões liberais em todo o diretório / etc, com permissão de leitura / gravação para o proprietário e o grupo e leitura permitida para todos os outros. A razão dos dois chmod é definir o bit de execução apenas nos diretórios.
Alguns processos vão reclamar ou falhar, mesmo assim, incluindo qualquer executável dentro de / etc, mas você deve ser capaz de fazer a reinstalação descrita acima.
Editar:
Após seus comentários, se você não perder nenhum dado e tiver o tempo necessário para reinstalar o servidor, faça-o e poupe tempo e dor de cabeça.