Tudo depende da configuração da VPN. A maioria das pequenas e médias VPNs corporativas são definidas para que os clientes possam acessar os recursos da empresa de fora, o que poderia tornar seu servidor um cliente. A comunicação entre cliente e cliente pode estar bloqueada.
Também é possível que a VPN seja um pouco mais simples e apenas forneça acesso à rede local da empresa. Nesse caso, você poderá acessar o servidor da mesma forma que seu empregador, via SSHFS ou HTTP.
Se é você quem está configurando a VPN, você precisa garantir que ela permita todo o tráfego necessário. Se essa for a vpn de seu empregador, sugiro que você explique a eles o que você precisa e deixe que eles configurem sua VPN para que ela funcione.