Eles são armazenados no gconf .gconf/apps/gnome-terminal/profiles/Default/%gconf.xml
como valores hexadecimais de 12 dígitos (onde Default é o nome do perfil).
Você pode defini-los com gconftool-2, por exemplo,
gconftool-2 -s -t string /apps/gnome-terminal/profiles/Default/foreground_color #65657b7b8383
há também background_color e palette que pega uma lista de 16 valores separados por dois pontos (não sei o que isso corresponde).