Você pode usar o Windows Installer para instalá-lo na mesma partição que o Windows.
De acordo com Esta questão de outro fórum e esta questão você não pode usar ntfs ou gordura como sistema de arquivos para um ubuntu padrão instalar porque não suporta os privilégios necessários.
Eu sempre usaria uma partição linux como root e você sempre pode fazer uma partição de dados como ntfs para a qual você pode gravar tanto do windows quanto do linux. Se você não pode mudar as partições, pode estar sem sorte.