Primeiro, o pps NÃO está disponível via USB. Você precisa usar uma conexão direta. USB é pesquisado e, portanto, não pode fornecer um sinal preciso o suficiente. Eu aprendi isso tentando configurar algumas caixas do Windows no trabalho.
O seu módulo GPS não tem saída PPS, estará em um pino ou conector separado. Isso precisa estar conectado a um pino GPIO no Pi.
Acabei de configurar dois Pi's para o ntp e este é o site que usei como referência usando o módulo GPS Adafruit. (Imagem com caixa azul)
http://www.satsignal.eu/ntp/Raspberry-Pi-NTP.html
Eu lutei com o segundo porque eu não tinha um GPS bloqueado porque precisava de uma segunda antena e estava chovendo lá fora.