É altamente recomendável ler os dois links que EEAA comentou , juntamente com um terceiro:
- Como o Stack Overflow planeja sobreviver ao próximo ataque de DNS
- Apresentando o DnsControl - "DNS como código" chegou
- Controle de DNS no GitHub
Essencialmente, você tem a ideia certa. Especifique seus servidores de nomes adicionais como registros NS em ambas as suas zonas (Route 53 e Cloudflare) e adicione esses novos servidores de nomes à sua configuração de registradores para o seu domínio.
Não haverá tempo de inatividade se você fizer isso corretamente.
A maneira de garantir isso é usar uma ferramenta como o Controle de DNS do Stack Exchange para fazer as alterações para você. Faça com que ele funcione com o seu atual provedor de DNS único e, em seguida, adicione a configuração para informar ao DNS Control para enviar a zona para vários provedores.
Nota: Acabei de ver nos comentários que você está usando o orange-cloud com o CloudFlare. Uma configuração de nuvem laranja é totalmente incompatível com provedores de DNS de terceiros, pois o CloudFlare manipula seus registros de DNS exibidos. Isso funcionará apenas para sites em nuvem cinza.
Não deixe que isso o afaste do Controle de DNS, já que o Controle de DNS tem suporte para o controle da nuvem laranja (apenas não use provedores de DNS duplos com a nuvem laranja)