Eu começaria primeiro com a criação de uma tarefa de monitor de desempenho com base no uso de CPU / RAM e HD. Isso pode ajudar a excluir vazamentos de memória, picos de CPU (talvez lixeiras de log bi-semanais ou semelhantes) ou erros de gravação de disco.
Além disso, você pode tentar verificar o BlueScreenView para ver se é BSODing.