A maioria das configurações de diretiva de grupo são apenas chaves de registro em HKLM \ Software \ Policies. Se o script do PowerShell for executado como Administrador, você poderá definir o valor do Registro correspondente e obter o mesmo efeito sem tocar em Diretiva de Grupo.
Os mapeamentos entre valores de registro e configurações de GPO são documentados pela Microsoft. link