Acho que a melhor maneira de fazer isso é gerar certificados (com base na solução PKI). Então você pode ter um certificado de servidor para cada servidor e um certificado de cliente também para cada cliente. O mais fácil nesse caso é usar o formato PKCS12 que incorpora a cadeia completa, com CA, sub-ca e chave privada.
Em seguida, para gerenciar a revogação, você pode usar um respondente do OCSP, que se encarregará de responder à solicitação de status de revogação.
O Easy-RSA pode cuidar dessa simples PKI.