Acho que isso pode ser apenas uma limitação da maneira como funciona. Para mim, parece apenas verificar os instantâneos para diferentes versões do arquivo atual, por isso não mostrará nenhuma versão se o arquivo tiver sido renomeado.
No entanto, não tenho certeza do que você quer dizer com a história sendo perdida se você mover um arquivo para outro diretório. No meu sistema FreeBSD / Samba eu posso ver versões anteriores no próprio compartilhamento. Isso me fornece uma lista completa de todos os instantâneos e eu posso navegar em qualquer instantâneo, mostrando todo o conteúdo do compartilhamento como estava naquele momento.