Infelizmente, o MongoDB 3.0 não possui um método direto de identificar índices não utilizados.
O MongoDB 3.2 melhora isso com a introdução do $ indexStats, que mostra os acessos ao índice: link
Algumas sugestões:
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Tente identificar quaisquer índices que possam ser prefixos uns dos outros, pois podem ser redundantes. Tenha em mente que a ordenação de índices pode ser importante
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Como Jacob mencionou, o uso do plano de explicação pode ajudar a identificar se uma consulta está usando um índice. PlanCache.getPlansByQuery () expandirá isso, mostrando quais planos de consulta são atualmente armazenados em cache pelo banco de dados para padrões de consulta específicos: link