Parece-me que você está perguntando como ter o Linux com um relógio de cérebro dividido: um que nunca muda, mas pode estar errado, para o kernel, e um que está certo, mas pode mudar, por tudo outro. Infelizmente, o Linux não suporta essa ideia, e seria preciso muito trabalho para fazê-lo.
Na sua situação, as coisas que você pode fazer para melhorar os assuntos incluem:
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Não execute
ntpd
com o relógio local configurado como fonte, a menos que o relógio local seja altamente preciso (o que no seu caso não é, ou o problema não teria surgido). -
Não permita que as pessoas reconfigurem e / ou iniciem
ntpd
em um sistema em execução, a menos que saibam o que estão fazendo. -
Certifique-se de que o sistema execute
hwclock --systohc
no encerramento para que a hora do sistema seja gravada no relógio do hardware. Em algum momento, é provável que o sistema adquira um bom sinal de tempo, e isso ajudará a preservá-lo. Após esse ponto, o sistema terá um bom relógio a partir da inicialização, e a aquisição pós-inicialização de um servidor ntp decente estará dentro da capacidade corretiva do relógio.