Publicação de um comentário sobre a pergunta original:
Tanto quanto eu poderia descobrir, este é o comportamento pretendido - upgrades não supervisionados só atualizarão pacotes - qualquer ação que envolva instalar / remover outros pacotes não acontecerá. Isso significa que, se novas dependências forem adicionadas ou se as dependências de um pacote quiserem remover outro pacote, os pacotes responsáveis não serão atualizados. Eu posso ver o pensamento por trás disso - você não quer que ele destrua seu sistema se algo crítico for removido.