Os volumes que hospedam as VMs contêm muitas coisas. Os VHDs serão a maior parte, mas também haverá coisas que você não precisa fazer backup, como o arquivo reservado para paginar a VM guest (se você tiver a Memória Dinâmica ativada).
Além disso, se você acabou de fazer o backup dos volumes (e eu duvido que seja o que a Veeam está fazendo), você obtém uma imagem dos VHDs que podem não ser internamente consistentes com relação ao que o sistema operacional convidado estava fazendo. Montar esses VHDs no futuro (seja porque você restaurou a VM ou porque você quer apenas executar um arquivo fora do VHD) pode resultar em um sistema de arquivos corrompido, levando a um longo ciclo de chkdsk ou a um aplicativo corrompido, banco de dados, etc.
Fazer um backup da VM pedindo ao Hyper-V para fazer isso, o que equivale a fazer o backup das VMs em vez dos volumes em que eles se sentam, acionará um processo de solicitação à VM guest antes de ficar consistente os VHDs são instantâneos. Basicamente, o Hyper-V inclui o "Serviço de Integração de Backup", que permite representar o aplicativo de backup na VM guest. Ele pede ao convidado que faça um instantâneo, incluindo quaisquer bancos de dados, volumes e o que quer que exista. Então, no momento em que o convidado liberou tudo, faça seus discos virtuais, quando os VHDs são colocados no instantâneo do host.