(O problema foi resolvido pelo OP)
A questão parece ter se consertado e eu nem fiz nada. É muito estranho. Eu acho que é assim que o Gnome funciona (e fala sobre não reconhecer seu tema e reverter para o visual do Windows 95. Que tal isso?). Eu tenho sido um usuário de longa data do KDE e nunca encontrei problemas como este. O KDE pode ter inicializado na área de trabalho por mais tempo (do KDM), mas pelo menos eu sei que foi consistente.