Eu encontrei o problema depois de tentar reiniciar o BIND, o que fez com que o servidor ficasse offline completamente. Isso me levou a executar o named-checkzone, que apontava um erro "." seguindo o registro ftp (veja "yyy.yyy.yyy.yyy." no post original). Isso fazia com que o arquivo fosse ignorado sempre que a configuração fosse recarregada. Depois de corrigir isso, o arquivo de zona foi carregado com êxito e as consultas de DNS agora retornam "mail.domain.com" para o registro MX como deveriam. Obrigado a Law29 e Håkan Lindqvist por me ajudarem a pensar sobre isso.