Você provavelmente tem o NTP (Network Time Protocol) ativado e em modo de sincronização. Veja minha saída para o comando timedatectl:
$ timedatectl
Local time: Mon 2016-01-04 18:06:04 CET
Universal time: Mon 2016-01-04 17:06:04 UTC
Timezone: Europe/Amsterdam (CET, +0100)
NTP enabled: yes
NTP synchronized: yes
RTC in local TZ: no
DST active: no
Last DST change: DST ended at
Sun 2015-10-25 02:59:59 CEST
Sun 2015-10-25 02:00:00 CET
Next DST change: DST begins (the clock jumps one hour forward) at
Sun 2016-03-27 01:59:59 CET
Sun 2016-03-27 03:00:00 CEST
Observe em particular:
NTP enabled: yes
NTP synchronized: yes
Você pode usar timedatectl para desativar a sincronização:
$ timedatectl set-ntp falso